Похоже, 1С внесли новую порцию изменений в алгоритм восстановления ролей администратора. Заметил после обновления ЗУПа до релиза 3.1.30.35.
Только слетают роли не в момент обновления конфигурации/расширения. В моем случае висел пользовательский сеанс и в какой-то момент всплыло сообщение, что роли обновлены. Перезайдите, мол. И вот в момент перезапуска еще один перезапуск произошел по инициативе ИР.
А вообще изначально заметил, что у меня опять стали пропадать инструменты из интерфейса. Сразу же проверил, происходит ли это в момент обновления — не подтвердилось. Сейчас же увидел то, что описал выше.
Возможно, на полноценную заявку это не тянет, но решил все же написать. Если соберу доп.информацию, добавлю.