В консоли запросов при открытии файла .sel активной в дереве запросов становится родительская папка запроса вместо самого запроса. Соответственно, нужно при каждом запуске консоли запросов или при открытии файла раскрывать активную папку, искать в ней нужный запрос, переходить на него, только после этого отображается текст запроса. Такое поведение уже несколько десятков версий, наверное.
Попробовал создать и сохранить новый файл .sel, там такого эффекта не наблюдаю. Может, как-то связано с тем, что мой файл .sel изначально создавал пару лет назад на гораздо более старых версиях ИР.