Если взять нормальный документ, где в проводках Валюта = NULL и Валютный признак отключен, а затем с помощью ИР попробовать отредактировать проводки документа, то они "ломаются", т.к. вместо NULL записывается пустая ссылка на какой-нибудь справочник. Из-за этого образуется развернутое сальдо.
Чтобы исправить надо перебирать метаданные счета регистра бухгалтерии, искать измерения, где привязан признак учета и проверять включен ли он, если не включен, то записывать NULL в любом случае. Или хотя бы спрашивать пользователя уверен ли он в том, что хочет записать неверное значение в измерение, которое его содержать не должно (например, если он пишет туда не Неопределено, а ссылку или конкретное значение).
Кроме того пригодился бы инструмент для исправления таких проводок, как в публикации на инфостарте https://infostart.ru/public/147199/